Das Automatenlabor stellt in gewisser Hinsicht die Zentrale des Labor Brunners dar. Hier werden die meisten Proben vollautomatisch erfasst, zentrifugiert, analysiert und archiviert und für die anderen Laborbereiche aliquotiert oder weiter sortiert. Durch die vollautomatisierte Laborstraße einer neuen Gerätegeneration mit modernsten Geräten wird eine zeitnahe, zuverlässige und reproduzierbare Bearbeitung einer Vielzahl von Parametern sichergestellt. Zudem macht die vollautomatische Aliquotierung und Barcodierung eine Probenverwechslung praktisch unmöglich.

Im Automatenlabor werden Proben aus der Facharztpraxis und Laborgemeinschaft analysiert. Das Analysenspektrum umfasst die klassischen Parameter der Klinischen Chemie einschließlich z.B. Hormone und Tumormarker sowie gewisse Parameter aus der Serologie und Immunologie. Durch die weitgehende Automatisierung in diesem Bereich wird das Laborteam entlastet und kann sich komplexeren Aufgaben einschließlich der Qualitätssicherung widmen.